Το περιθώριο λειτουργίας μετρά το ποσοστό απόδοσης που δημιουργείται από τις βασικές δραστηριότητες μιας επιχείρησης, ενώ το περιθώριο κέρδους μετρά την ποσοστιαία απόδοση σε όλες τις δραστηριότητές της. Η βασική διαφορά είναι οι μη λειτουργικές δραστηριότητες που δεν περιλαμβάνονται στη μέτρηση του λειτουργικού περιθωρίου. Αυτές οι δραστηριότητες συνήθως περιλαμβάνουν χρηματοδοτικές συναλλαγές, όπως έσοδα από τόκους και έξοδα τόκων. Μπορούν επίσης να περιλαμβάνουν τις αποδόσεις που δημιουργούνται από διακοπείσες λειτουργίες.
Κατά την αξιολόγηση μιας επιχείρησης, το περιθώριο λειτουργίας αποκαλύπτει εάν οι βασικές λειτουργίες είναι ικανές να αποφέρουν μια απόδοση, η οποία είναι ιδιαίτερα εμφανής όταν παρακολουθείται σε μια γραμμή τάσης. Αυτές οι πληροφορίες μπορούν επίσης να συγκριθούν με τα περιθώρια λειτουργίας των ανταγωνιστών, για να δούμε πόσο καλά αποδίδει μια επιχείρηση μέσα σε έναν κλάδο χωρίς τα αποτελέσματα της χρηματοδότησης.
Το περιθώριο κέρδους είναι πιο χρήσιμο κατά την αξιολόγηση μιας οντότητας στο σύνολό της, η οποία περιλαμβάνει τόσο τα λειτουργικά της αποτελέσματα όσο και τις χρηματοδοτικές της δραστηριότητες. Αυτό το αποτέλεσμα θα πρέπει επίσης να παρακολουθείται σε μια γραμμή τάσης, για την αξιολόγηση της απόδοσης μακροπρόθεσμα. Το περιθώριο κέρδους τείνει να κυμαίνεται περισσότερο από το περιθώριο λειτουργίας, καθώς το περιθώριο κέρδους περιλαμβάνει επίσης χρηματοοικονομικά αποτελέσματα που μπορεί να ποικίλλουν σημαντικά καθώς αλλάζουν τα επιτόκια.